Os recursos do Fundo de Penas Alternativas são provenientes de transações penais, que oferecem, ao infrator, a oportunidade de não ser denunciado, possibilitando à Justiça a aplicação de uma sanção educativa, com menos custos financeiros e sociais, além de contribuir para o desafogamento do Sistema Judiciário.

A transação penal pode ser utilizada quando o crime ou contravenção penal for de menor potencial ofensivo, com pena máxima de dois anos. Para tanto, o infrator não poderá ter sido condenado, por sentença definitiva, à pena privativa de liberdade, nem ter sido beneficiado anteriormente, no prazo de cinco anos, com pena restritiva de direitos ou multa. O Promotor de Justiça deve avaliar, ainda, os antecedentes, a conduta social e a personalidade do infrator, bem como os motivos e as circunstâncias em que foi cometido o delito.

Também cabe ao Promotor de Justiça decidir a pena que será aplicada, entre a multa, prestação pecuniária a entidades públicas, prestação de serviços à comunidade ou a entidades públicas, perda de bens e valores ou interdição temporária de direitos.

A fiscalização do cumprimento dos termos acertados na transação penal é feita pelo Poder Judiciário, especificamente pelas Centrais de Execução das Medidas e Penas Alternativas. Quando as condições estabelecidas no acordo são descumpridas pelo infrator, o processo retorna ao seu curso inicial, com o encaminhamento ao Ministério Público para o oferecimento de denúncia.